Hola franxmal! decirte que no soy especialista en esto, pero bueno, te voy a dar mi opinión.
Con todo lo que dices, como poder, podría ser, porque si es en las dos rodillas es posible que tenga que ver con la manera de pisar, lo raro es que con 4 meses entrenando con un calzado "no adecuado" solo tengas crujidos y no dolores. No se, yo de ti lo que haria es ir a un podlogo a contarle el caso y que te mire la pisada, na vaya a ser que al final te lesiones de verdad.
Saludos
el que busca lo que pierde, nunca vive lo que tiene
Mártires del compás